十二月七日，方献夫转换策略，不再直接请求退休，而是提出将“大礼议”的整个过程编写成书，请求公开发行，这一提议意外得到了明世宗的同意。这不仅显示了方献夫对于历史记录的重视，也巧妙地将自己的立场和观点通过文献形式流传后世，为自己的政治生涯留下了一份重要的历史见证。
嘉靖四年（1525年），方献夫的家庭因素成为了他继续请求离京的契机。四月二十一日，他以妻子希望送儿子返回家乡为由，再次向明世宗提出申请，这次他的请求得到了皇帝的体谅与批准。这一安排，某种程度上缓解了方献夫的个人困境，也体现了明代君臣关系中人性化的考量。
然而，方献夫的退休之路并未就此畅通无阻。嘉靖五年（1526年），在身体状况不佳的情况下，他于四月十三日请求留在家乡养病，但明世宗考虑到国家需要，不仅未予批准，反而在冬季将其擢升为少詹事，加重了其职务。方献夫在五月二十二日再次推辞这一新任命，表达了继续在家养病的愿望，但皇帝的态度依旧坚决，要求他迅速回京赴任，显示了朝廷对方献夫能力与贡献的高度认可。
四、诏修大典
嘉靖六年（1527年），方献夫在明世宗的直接任命下，参与了一项文化与政治意义并重的重大任务——《大礼全书》的纂修工作。此书的编纂旨在进一步明确和巩固明世宗在“大礼议”中的地位及理论依据，具有极高的历史与政治价值。方献夫与霍韬等同僚一同被任命为纂修官，他们在学术上的深厚功底和对“大礼议”的深刻理解，使得他们成为这项工作的不二人选。方献夫与霍韬的密切合作，不仅基于同乡之情，更在于对“大礼议”立场的共鸣，两人联手向世宗上书，借古喻今，引用历史案例来强化世宗政策的合理性和必要性，强调皇帝过继给先帝为子的主张并非出自古人之口，而是王莽等奸臣的误导，从而为世宗的决策正名，这份论述得到了明世宗的认可，并被送至史馆供纂修官参考。
与此同时，方献夫的仕途亦迎来了新的挑战与机遇。他与霍韬一同被任命为经筵日讲官，负责为皇帝讲解经史，这是对臣子学识与品行的高度肯定。方献夫在处理具体案件时展现出了公正与担当，如在复审李福达案时，他力排众议，减轻了马录的刑罚，体现了其在法律面前的独立判断与人文关怀。
此外，方献夫在九月的任命中，不仅担任了礼部右侍郎，还总领大理寺事务，充分展示了他的多面才能与世宗对其的信任。在人事任免方面，方献夫积极推荐人才，对两京堂上官职空缺提出了合理建议，且在处理旧案时，他的意见影响了皇帝，减少了对无辜官员的株连。他还成功促使明世宗召回了在思恩、田州叛乱中表现不力的官员，推荐军事人才以稳定边疆，虽然因杨一清的反对，部分建议未被完全采纳，但方献夫的积极作为与远见卓识得到了体现。
五、掌管礼部
嘉靖六年至八年，方献夫担任礼部尚书期间，他的政治影响力达到了一个新的高峰，不仅在礼制建设、宗教管理上展现出魄力，还在处理突发事件和维护同僚利益方面体现了他的智慧与担当。
接任礼部尚书后，方献夫继续兼翰林院学士与史馆副总裁官，身兼数职，足见其在皇帝心目中的重要地位。他深刻洞察社会风气，认为尼姑、道姑现象有悖于伦理道德，遂向明世宗建议勒令其还俗，同时清理无证僧侣和私设的宗教场所，这一举措有力地整顿了社会风气，强化了国家对宗教事务的管理。
在文化建设和个人荣誉上，《明伦大典》的完成为方献夫赢得了太子太保的加封，以及朝廷的诰命奖励，这不仅是对他学术贡献的肯定，也是对其在“大礼议”中所持立场的认可。面对自然灾害频发，方献夫及时响应，将各地灾情详细汇报给皇帝，体现了其作为礼部尚书的责任感与敏锐性。在皇后丧仪问题上，方献夫坚持原则，勇于直言，确保了皇后的尊严得到应有的尊重。
方献夫在处理边疆事务上也展现了卓越的协调能力。在王守仁平定思恩、田州叛乱后，面对桂萼的攻击，方献夫力挺王守仁，列举其功绩，成功扞卫了王守仁的政绩与边疆新建城镇计划，这对于维护边疆稳定和鼓励前线将领具有重要意义。
此外，方献夫在朝堂纷争中亦显现出高超的政治手腕。嘉靖八年，面对张璁、桂萼与杨一清之间的矛盾，方献夫借灾异之机上书，倡导团结，同时提出召回被贬官员、增加进士录取名额等建议，旨在缓和内部矛盾，增强朝廷凝聚力。虽然最终未完全实现其提议，但明世宗对方献夫的建议表示赞赏，显示出皇帝对方献夫在朝堂稳定中作用的认可。
六、又掌吏部
方献夫接替桂萼执掌吏部后，立即投入到一系列重要工作中，包括主持殿试读卷、监修《大明会典》等，显示了皇帝对方献夫能力的高度信任。面对朝中官员空缺问题，他提出从各部选拔人员填补御史职位，体现出灵活的行政手腕。在处理桂萼、张璁被罢免后的人事问题时，方献夫展现了中庸之道，既清理了部分党羽，又保护了一些他认为不应受牵连的官员，如黄绾等，这一举动平衡了各方势力，避免了朝政动荡。
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