克洛伊索斯的军队首先焚毁了他们遇到的第一座波斯城市普特里亚（Pteria，今土耳其中部）。闻讯赶来的居鲁士在这里与吕底亚军队展开了一场激烈的会战（普特里亚战役）。吕底亚军队中配备了长矛的骑兵在技术上占据了上风，但居鲁士的军队在数量上占有明显的优势，并且使用了一些新式武器，如高台炮车。尽管如此，双方互有伤亡，未能分出胜负。克洛伊索斯见状，决定暂时退兵，计划在冬季过后再集结更多的军队进攻波斯。
然而，出乎克洛伊索斯的意料，居鲁士并没有按兵不动。为了防止克洛伊索斯集合更多的军队再次进攻，居鲁士果断决定主动出击，直接攻入吕底亚本土。仓促应战的吕底亚人不得不在首都萨迪斯（Sardis，今土耳其西部）郊外的辛布拉平原（Battle of Thymbra）与波斯军队展开决战。
在辛布拉平原的决战中，吕底亚人依然依赖他们的长矛骑兵，试图在战场上占据优势。然而，居鲁士早已想好了对策。他将随军运载粮食和行李的骆驼集合起来，配备骑手，走在军队的最前面，步兵和骑兵紧随其后。当吕底亚的骑兵遇到这些骆驼时，马匹因害怕骆驼的气味而变得狂躁不安，纷纷转身逃窜。吕底亚的骑兵失去了战斗力，局势顿时陷入混乱。尽管吕底亚人是西亚最勇武好战的民族，许多士兵跳下马来与波斯军队肉搏，但最终还是难以抵挡居鲁士的精锐部队。吕底亚军队溃败，残余的士兵逃回了萨迪斯城。
居鲁士随即对萨迪斯展开了围攻。经过两周的激烈战斗，波斯军队终于找到了一条通往城墙顶部的绝壁路径，成功攀爬进入城内。萨迪斯城陷落，吕底亚王国灭亡。克洛伊索斯被俘，至此才明白德尔斐神谕的真正含义：他出兵攻打波斯后被摧毁的正是自己的帝国，而骡子则隐喻居鲁士，因为他是波斯人与米底人的混血儿。
三、征服巴比伦
公元前546年春季，大量犹太人依然居住在当时的世界第一大城市——巴比伦。他们的故土耶路撒冷已经被新巴比伦王朝的军队拆毁，圣殿也一同被夷为平地。犹太人被迫集体迁徙到两河流域的世界中心，成为新主人的国家奴隶。这样的境遇对于犹太人来说，或许并不陌生。近千年前的先知摩西，就带着一群处境类似的先民，从埃及出逃，摆脱了原先的法老奴隶身份。但这一次的情况又有所不同，犹太人在巴比伦城内的数量并不显着，他们的社区被巴比伦本地人、新征服者迦勒底人和行商的腓尼基人聚居地所稀释。因此，除了少数还说得上话的祭祀外，他们在实际上缺乏统一的强力核心。要摆脱这一历史上着名的“巴比伦之囚”，就需要外力的帮助。
就在这一年，波斯帝国的军队已经攻克了小亚细亚半岛西部的强国吕底亚。居鲁士大帝在短时间内将自己的版图从扎格罗斯山脉以东，扩张到了爱琴海东岸。过去由米底、巴比伦和吕底亚三方瓜分的世界中心文明圈，如今已经有三分之二落入了他的手中。不满足于此的居鲁士，还在策动更大规模的扩张。曾经支持他击败米底帝国末代君主的北伊朗贵族们，也需要更多封地和战利品来犒劳自身的付出。在这种形势下，居鲁士将南方的巴比伦作为自己的终极目标。但在条件成熟之前，他还需要解决很多周边的中小势力。
于是，当巴比伦的君主开始筹备即将到来的战争时，波斯帝国的军队正分兵两路横扫亚洲腹地。居鲁士亲自率领主力部队向东，征服伊朗高原以东的广大农牧混合生产区。帮助他上位的米底贵族哈尔帕哥斯，则率领一支由米底人为主的偏师，继续在小亚细亚沿海活动。前者将在数年内征服呼罗珊、锡斯坦、巴克特里亚和河中，兵锋直指印度河流域。后者则在这段时间里，逐个击败那些分布在沿海的希腊城邦和其他一些民族团体。
居鲁士的东征不仅扩大了波斯帝国的疆域，还为他积累了一支经验丰富的军队。这支军队在连续不断的战斗中，锤炼出了极高的战斗力和组织能力。他们使用了多种武器和战术，包括骑兵、步兵和战车，能够在各种地形和环境中有效作战。居鲁士的军事才能和战略眼光，在这一系列的征服中得到了充分的体现。
与此同时，巴比伦的君主纳波尼德（Nabonidus）和他的儿子伯沙撒（Belshazzar）也在积极备战。然而，巴比伦内部的政治动荡和民众的不满情绪，使得他们的准备工作显得不够充分。居鲁士的军队在经过多年的征战后，士气高昂，战斗力强，而巴比伦的军队则在长期的和平中逐渐松懈。
公元前539年，居鲁士终于发起了对巴比伦的最后攻势。他巧妙地利用了幼发拉底河的水势，通过挖掘渠道引水，使河水变浅，从而让波斯军队顺利渡河，攻入巴比伦城。在几乎没有遭遇强烈抵抗的情况下，居鲁士顺利占领了巴比伦。与之前的征服者不同，居鲁士采取了一系列仁政措施，尊重当地的文化和宗教信仰，甚至释放了被囚禁的犹太人，允许他们返回故乡重建圣殿。这一举措不仅赢得了被征服民族的尊敬，也使居鲁士被誉为“上帝的牧人”。
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