对于这些事情，朱载坖自然是心里有数的，王锡爵说的确实是很有道理的，对于这些所谓的朋党，必须要予以严厉整顿，首先就是利用严刑峻法来打击这些朋党势力，朱载坖随后就亲自下旨，命令翰林院律例馆和刑部、大理寺、都察院等法司衙门一道，对于大明律中的奸党一条重新予以修订。
朱载坖要求将朋党明确列入奸党之中，嗣后凡是有朋党结党乱政者，即以奸党治之，朱载坖对于这些事情的处理态度是很明确的，不管什么君子之党，小人之党，都是奸党，没有任何区别。
朱载坖还详细的规定了这些奸党的内容，除了太祖朝所规定的四种情况之外，对于官员立碑和门生、乡谊结党等也一律列入奸党之中，朱载坖还明确要命将为大臣歌功颂德罪改为为为官员歌功颂德罪，对于所有的官员，不准未经皇帝准允就树碑建祠，抚按官立即予以巡视捣毁，尤其是所为的生祠等，一概不许，违者不分主从，以奸党罪之。
朱载坖在上谕中明确的指出：“追言者分曹为朋，率视阁臣为进退，依阿取宠，则与之比，反是则争。比者不容于清议，而争则名高。故其时端撰之地，遂为抨击之业，而国是淆矣。内阁所是，外论必以为非，内阁所非，外论必以为是。此非朝廷所以治国也。”
对于都察院都御史和诸科掌印，朱载坖都予以下旨切责，要求都御史和都给事中们对于这些监察御史和给事中们严加管束，用以维护朝廷的纲纪和法度，整饬吏治。
对于现在言官的权力扩张，朱载坖在上谕中也明确予以切责，朱载坖说道：“大臣惟惮言官能劫己而轻视诸司，言官为恃大臣之能庇己而蔑视公论，诸臣窃名誉，贪货利，树党羽，肆排挤，以欺阁为固然，以奸佞为得计，此亡国之祸也。”
对于现在科道权力膨胀，动辄以舆论胁迫朝廷，这点也是朱载坖所深恶痛绝的，他在诏书们明确说道：“彼其一人之身而毁誉倏忽，爱憎随之，况积毁与群誉者哉。故明主之简用大臣，无他术也，慎其爱憎，而不以毁誉，则善矣。”
朱载坖明确表达了自己在用人上的态度，不以爱憎用大臣，不因舆论对大臣的毁誉而轻下结论，朝廷绝不接受这种以舆论来胁迫大臣，甚至于影响朝廷的政策，这些行为都是朱载坖所绝对不能允许的。
王锡爵也再次上疏，对于现在官员养望的行为提出严厉的批评，王锡爵在奏疏中说道：“正德以来，士多务虚誉而希美官，假恬退而为捷径，或因官非要地，或因职业不举，或因事权掣肘，或因地方多故，辄假托养病致仕，甚有出位妄言弃官而去者，其意皆籍此以避祸掩过，为异日拔擢计，而往往率遂其所欲。以故人怠于修职，巧于取名，相效成风，士习大坏。”
对于这些人，朱载坖命令吏部和都察院予以查实之后直接向朱载坖上奏弹劾，永不叙用，严厉打击这些出位妄言的行为，同时对于巡按御史、给事中等官员的权力也要予以限缩，再次重申不准风闻奏事，对于无端弹劾，或者是利用科道的监察权力打击政敌等行为，捕风捉影，诬陷官员的，反坐之。
刑部尚书蔡国珍则是上疏对于奸党罪的实施情况做了说明，本朝的奸党之罪，在应用过程之中，往往走向两个极端，要不进行无情打击，不惜以诛连九族而兴大狱；要不就置若罔闻，不惜牺牲现行的法律，以顺应所谓的人情。在洪永年间，经常使用奸党，屡兴大狱。
这样做固然是为了震慑一些不法之徒，但是也因此搞得官场人人自危，官员们不敢履职，这是大肆使用奸党的副作用。
而在洪永之后，这条罪名就被束之高阁，不再使用，实际上就加以废弛了，在这种情况下，官员们就开始放飞自我了，各种形式的组织就开始增长了。
所以蔡国珍认为，对于奸党一罪的使用，既要控制大规模的株连，又要防止这个法条被搁置，这点是极为重要的，朱载坖也认为应该如此，国家应该贵法，然而法胜则人心离；国家应该尊重人情，然 而情胜则人心俚；国家应该崇理，然而理胜则人心背，法、理、情之间的权衡，是皇帝和朝廷要仔细思考的。
奸党一罪，在大明律中确实是极为尴尬的，一方面其内容几乎未得到过任何修改，并且在最高统治者颁布的政令中，还得到过再三的强调。而另一方面，在实际的执行过程中，它又被屡屡规避甚至破坏，作为有明确罪名的法律，几乎没有其在司法实践中被实际执行的记载。
所以朱载坖特意批答了蔡国珍的奏疏道：“一法立而一弊生，诚是，然因弊生而不立法，未见其为是也。夫立法以禁弊，犹为防以止水也。堤薄土疏而乘隙决溃，诚有之矣，未有因决而废防者。无弊之法，虽亮舜不能。生弊之法，亦立法者之拙也。故圣人不苟立法，不立一事之法，不为一切之法，不惩小弊而废良法，不为一时之弊而废可久之法。”
朱载坖认为现在朝廷的情况必须以重典治之才行，之前朝廷对于官员过于优容，导致这些官员缺乏对于国法的敬畏，这点是朱载坖决不能容忍的。
右都御史劳堪也上疏称：“今日大可骇异，只要中个进士，为县令赃至二三万或五六万，上官惜大体面，或受嘱托，本犯不受笞辱，不入囹圄，不问徒罪，只作不及、浮躁，降级轻处，衣锦还乡，人羡富贵。其计巧多护者，依然官不改 动，十居四五，朝廷法纪荡然，吏治大坏。”
这些进士出身的官员，由于有出身的优势，即便是被树碑建祠，公然违反法律，也不会受到惩处，更加助长树碑建祠之风。
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