孙策回到府中，早有内侍把这件事告诉了孙策的母亲吴太夫人。夫人把孙策叫到后堂，对他说：“我听说你把于神仙关进了监狱。这个人经常医治百姓的疾病，军民都很敬仰他，不能加害他。”孙策说：“这是个妖人，能用妖术迷惑众人，不能不除掉！”夫人再三劝解。孙策说：“母亲不要听外人的胡言乱语，孩儿自有主张。”于是出去叫来狱吏，把于吉提来审问。原来狱吏都敬重信任于吉，于吉在狱中时，他们都去掉了他的枷锁，等到孙策传唤，才给他戴上枷锁带出来。孙策查访得知后大怒，严厉斥责狱吏，仍然将于吉戴上刑具，关回狱中。张昭等几十人联名写状子，拜求孙策，请求保住于吉的性命。孙策说：“你们都是读书人，怎么这么不明事理？从前交州刺史张津，听信邪教，鼓瑟焚香，经常用红帕裹头，自称这样可以增强出兵的威势，后来竟然被敌军所杀。这种事情毫无益处，只是你们还没有醒悟罢了。我想要杀于吉，正是为了禁绝邪恶，使人觉悟。”
吕范说：“我一向知道于道人能祈风祷雨。现在天旱，为什么不让他祈雨来赎罪呢？”孙策说：“我倒要看看这个妖人有什么本事。”于是命令从狱中把于吉带出来，打开他的枷锁，让他登上祭坛求雨。于吉领命后，立即沐浴更衣，用绳子把自己绑在烈日之下。观看的百姓挤满了街道。于吉对众人说：“我求下三尺甘霖，来拯救万民，但我终究免不了一死。”众人说：“如果真有灵验，主公一定会敬服。”于吉说：“气数到了这个地步，恐怕难以逃脱。”过了一会儿，孙策亲自来到祭坛，下令说：“如果到午时还没有下雨，就将于吉烧死。”先让人堆积干柴等候。快到午时的时候，狂风突然刮起，风过后，四下里阴云渐渐聚合。孙策说：“时间已经快到午时了，只有阴云，却没有甘雨，这分明就是妖人！”叱令左右将于吉抬上柴堆，四处点火，火焰随风而起。忽然看见一道黑烟冲上天空，一声巨响，雷电齐发，大雨倾盆而下。顷刻之间，街市变成了河流，溪涧都涨满了水，足足下了三尺深的好雨。于吉仰卧在柴堆上，大喝一声，云收雨住，太阳又露了出来。于是众官和百姓一起将于吉从柴堆上扶下来，解开绳索，再三拜谢。孙策看见官员和百姓都在水中下拜，不顾身上的衣服，顿时勃然大怒，叱责道：“晴雨是天地的定数，妖人偶然趁机，你们怎么能如此迷惑混乱！”拔出宝剑，命令左右赶快将于吉斩首。众官极力劝谏，孙策发怒说：“你们都想跟从于吉造反吗！”众官于是不敢再说话。孙策叱令武士将于吉一刀砍头落地，只见一道青气向东北方向飘去。孙策命令把于吉的尸体在街市上示众，以正妖妄之罪。
当天夜里，风雨交加，等到天亮，于吉的尸首却不见了。看守尸首的军士报告给孙策，孙策大怒，要杀看守的军士。忽然看见一个人从堂前缓缓走来，一看，竟然是于吉。孙策大怒，正要拔剑砍他，忽然昏倒在地。左右急忙把他救进卧室，过了半晌才苏醒过来。吴太夫人来看望他的病情，对孙策说：“我儿屈杀了神仙，所以招来这场灾祸。”孙策笑着说：“孩儿自幼跟随父亲出征，杀人如麻，哪有招来灾祸的道理？现在杀了妖人，正是杜绝大祸，怎么反而会给我带来灾祸呢？”夫人说：“因为你不信，才会这样，现在可以做善事来消除灾祸。”孙策说：“我的命运由天决定，妖人绝对不能给我带来灾祸，何必消除呢！”夫人料想劝不动他，就自己让左右暗中做善事来消除灾祸。
当天夜里二更时分，孙策躺在内宅，突然阴风骤起，灯熄灭后又亮了起来。在灯影之下，他看见于吉站在床前。孙策大声喝斥道：“我一生发誓要诛杀妖邪虚妄之人，来平定天下！你既然已经成了阴鬼，怎么敢靠近我！”拿起床头的剑掷向于吉，于吉忽然不见了。吴太夫人听说这件事后，更加忧愁烦闷。孙策便带病勉强起身走动，想让母亲宽心。母亲对孙策说：“圣人说：‘鬼神的功德，是多么盛大啊！’又说：‘向天地神灵祈祷。’鬼神的事情，不可不信。你冤杀了于先生，难道没有报应吗？我已经让人在郡里的玉清观设坛祭祷，你可以亲自去拜祭祈祷，这样自然就会平安。”孙策不敢违背母亲的命令，只好勉强坐着轿子前往玉清观。道士把他迎进去，请孙策焚香，孙策焚香后并不答谢。忽然香炉中的烟升腾起来，久久不散，结成一座华盖，上面端坐着于吉。孙策大怒，吐口水大骂；走出殿宇，又看见于吉站在殿门口，愤怒地看着他。孙策回头问左右：“你们看见妖鬼了吗？”左右都说没看见。孙策更加愤怒，拔出佩剑向于吉掷去，一个人被剑击中倒下。众人一看，是之前动手杀于吉的小卒，剑砍进了他的脑袋，他七窍流血而死。孙策命令把尸体扛出去埋葬。等到出了道观，又看见于吉走进观门。孙策说：“这座道观也是藏妖的地方！”于是坐在观前，命令五百名武士拆毁道观。武士刚爬上屋顶揭瓦，就看见于吉站在屋顶上，把瓦片扔到地上。孙策大怒，传令把道观里的道士都赶出去，放火烧毁殿宇。火燃起的时候，又看见于吉站在火光之中。孙策愤怒地回到府中，又看见于吉站在府门前。孙策于是不进府，随即点起三军，出城在城外安营扎寨，传唤众将商议，想要起兵帮助袁绍夹攻曹操。众将都说：“主公身体不适，不可轻易行动。等身体痊愈，再出兵也不迟。”
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