娄敏中听后，传李俊上岸。李俊登岸后拜见娄丞相，行礼完毕，娄敏中问道：“你是宋江手下什么人？担任何种职务？此番为何来献粮投诚？” 李俊答道：“小人姓李名俊，原本是浔阳江上好汉，曾在江州劫法场救了宋江性命。他如今受了朝廷招安，做了先锋，却忘了我们从前的恩情，多次羞辱小人。如今宋江虽然占领了大国的州郡，但手下弟兄逐渐折损，所剩无几，他却还不知进退，威逼我们水军向前。因此，小人气不过，特地带着他的粮米船只，私自前来献给大国，投诚归附。”
娄丞相见李俊说得情真意切，便信以为真，带着李俊进宫朝见方腊，详细说明了献粮投诚之事。李俊见到方腊，再次行礼请安，奏明前事。方腊毫无疑虑，加封李俊为水军都总管，阮小五、阮小七、童威、童猛都封为水寨副总管，让他们暂且在清溪管理水寨、看守船只，并说道：“等寡人击退宋江的军马，回朝之时，另有赏赐。” 李俊拜谢后出宫，自去搬运粮米上岸，进仓交收，这暂且不提。有诗为证：
神谋妙算擒方腊，先遣行人假献粮。
指日宋军平大内，清溪花鸟亦凄凉。
再说宋江与吴用调兵遣将，派关胜、花荣、秦明、朱仝四位正将作为前队，率领军队直入清溪县界，正好遇上南国皇侄方杰。双方军兵各自摆开阵势。
南军阵上，方杰手持方天画戟，骑在马上，威风凛凛，杜微则步行跟在后面。杜微全身披挂铠甲，背后藏着五把飞刀，手中握着一口七星宝剑。两人来到阵前，宋江阵上，秦明率先出马，舞动狼牙大棍，直取方杰。方杰二话不说，两人便战在一处。
方杰年轻气盛，精神抖擞，手中的方天画戟使得精妙娴熟。他与秦明连斗了三十多个回合，难分胜负。方杰见秦明武艺高强，也使出浑身解数，丝毫不敢懈怠。两人斗得难解难分之时，秦明也全力以赴，不给方杰丝毫喘息之机。
然而，谁也没料到，杜微那厮在马后见方杰与秦明僵持不下，便从马后悄悄闪了出来，抽出飞刀，朝着秦明的脸上飞速掷去。秦明急忙躲避飞刀，却被方杰趁机用方天戟将他挑落马下，秦明当场死于非命。可怜霹雳火秦明，竟落得如此横死的下场。
方杰一戟刺死秦明后，却不敢贸然追过对阵。宋兵小将急忙用挠钩将秦明的尸首钩了回来。宋江得知折损了秦明，众人皆大惊失色。宋江一面让人准备棺椁收殓秦明的尸首，一面重新调遣军将出战。
且说方杰大获全胜，在阵前得意洋洋地高声叫嚷：“宋兵还有哪位好汉，快出来与我厮杀！” 宋江在中军听闻，急忙来到阵前。只见对阵方杰背后，便是方腊的御驾，也已来到军前摆开阵势。但见：
金瓜密布，铁斧齐排。方天画戟成行，龙凤绣旗作队。旗旄旌节，一攒攒绿舞红飞；玉镫雕鞍，一簇簇珠围翠绕。飞龙伞散青云紫雾，飞虎旗盘瑞霭祥烟。左侍下一带文官，右侍下满排武将。虽是诈称天子位，也须直列宰臣班。苟非啸聚山林，且自图王霸业。
南国阵中，只见九曲黄罗伞下，一匹玉辔逍遥马上，端坐着那个草头王子方腊。他是怎样的打扮呢？但见：
头戴一顶冲天转角明金幞头，身穿一领日月云肩九龙绣袍，腰系一条金镶宝嵌玲珑玉带，足穿一对双金显缝云根朝靴。
方腊骑着一匹银鬃白马，威风凛凛地来到阵前亲自督战。他瞧见宋江就在对面马上，当即下令方杰出战，目标直指宋江，企图将其擒获。这边宋兵众将也早已严阵以待，准备迎敌，一心想要拿下方腊。南军方杰正要出阵，突然，一匹快马飞驰而来，高声报道：“御林都教师贺从龙总督军马前往歙州救援，却被宋兵卢先锋活捉，敌军兵马四散逃窜，宋兵已经杀到山后了！”
方腊听闻此消息，大惊失色，急忙传下圣旨，命令收军，先保住大内要紧。当下，方杰让杜微压住阵脚，准备让方腊御驾先行，自己和杜微随后撤退。方腊的御驾回到清溪州界，便听到大内城中喊杀声震天，火光冲天，显然正在激烈交战。原来是李俊、阮小五、阮小七、童威、童猛在清溪城里趁机放起火来。方腊见状，赶忙率领大批御林军马来救援城中，双方陷入混战。宋江的军马见南兵退去，立刻随后追杀。追到清溪时，看到城中起火，知道是李俊等人依计行事，宋江急忙命令众将召集军马，分头杀入城中。此时，卢先锋的军马也已经过山，两下相互接应，配合得恰到好处。四面的宋兵一起夹攻清溪大内。宋江等诸位将领从四面八方杀入，各自奋力搜捕南军，很快便攻破了清溪城郭。好在有方杰率领军队保驾，方腊才得以被护送着逃向帮源洞。
宋江等大队军马全部进入清溪县。众将杀入方腊宫中，收缴了违禁的武器和大量金银宝物，仔细搜查了内里的库藏。随后，他们在殿上放起火来，将方腊的内外宫殿全部烧毁，府库中的钱粮也被搜刮一空。宋江会合卢俊义军马，屯驻在清溪县内，召集众将前来请功受赏。清点两处将佐时，发现长汉郁保四、女将孙二娘都被杜微的飞刀所伤，不幸身亡；邹渊、杜迁在马军中被踩踏而死；李立、汤隆、蔡福身受重伤，医治无效也相继离世；阮小五之前在清溪县已被娄丞相杀害。众将擒获了南国伪官九十二员，论功行赏完毕，只是娄丞相和杜微下落不明。宋江一面张贴榜文安抚百姓，一面将活捉的伪官押送到张招讨军前，斩首示众。后来有百姓来报：“娄丞相因为杀了阮小五，见大兵攻破清溪县，自知大势已去，在松林里上吊自杀了。” 而杜微那家伙，躲在他平日里相好的娼妓王娇娇家，被当地的社老发现后献给了宋军。宋江奖赏了社老，随后令人先取了娄丞相的首级，又让蔡庆将杜微剖腹剜心，用他的血来祭奠秦明、阮小五、郁保四、孙二娘，以及在攻打清溪过程中阵亡的众位将领。宋江亲自拈香祭祀完毕，第二天，与卢俊义一起率领军队，直抵帮源洞口，将其团团围住。
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