嫪毐骤然富贵，变得愈发肆意妄为。太后每天对他赏赐无数，宫室、车马、田猎、游戏等，只要他想要的，无不满足，宫中大小事务，都由嫪毐决定。嫪毐蓄养了数千名家仆，那些想求官显达、愿意做他舍人的宾客，又有一千多人。他还贿赂结交朝廷权贵，作为自己的党羽，趋炎附势之人纷纷依附于他，其声势反而超过了文信侯吕不韦。
秦王政九年春天，天空出现彗星，彗尾横贯天空。太史占卜后说：“国家将有兵变发生。” 当初秦襄公建立鄜畤祭祀白帝，后来秦德公迁都到雍城，便在雍城设立了祭天的祭坛，秦穆公又建立了宝夫人祠，每年都进行祭祀，这逐渐成为惯例。后来秦国虽然再次迁都到咸阳，但这个规矩并未废除。太后居住在雍城，秦王政每年都会在郊祀之时前往雍城朝见太后，并举行祭祀大典，期间会在祈年宫停留。这一年春天又到了郊祀的时期，恰逢彗星出现的变故。临行前，秦王政让大将王翦在咸阳炫耀兵力三天，自己则与尚父吕不韦留守都城。桓齮率领三万士兵驻扎在岐山，之后秦王政才起驾前往雍城。当时秦王政二十六岁，还未举行冠礼。太后下令在德公之庙为秦王政举行冠礼，秦王政佩剑，并赏赐百官连续五天大摆宴席。太后也与秦王在大郑故宫设宴欢庆。
或许是嫪毐享福太多，注定要生出变故。嫪毐与身边的权贵们赌博饮酒，到了第四天，嫪毐与中大夫颜泄赌博接连失利，喝醉之后，他又要求重新开局。颜泄也喝醉了，没有答应。嫪毐直接上前揪住颜泄，扇了他耳光。颜泄毫不示弱，也扯掉了嫪毐的冠缨。嫪毐极为愤怒，瞪大眼睛大声呵斥道：“我是当今秦王的假父！你这个穷小子，怎敢和我对抗？” 颜泄十分害怕，赶紧跑了出去，恰好遇到秦王政从太后那里饮酒出来。颜泄立刻伏地叩头，哭着请求秦王赐死自己。秦王政心思缜密，没有立刻表态，只是让左右侍从将颜泄扶到祈年宫，之后才询问情况。颜泄将嫪毐扇自己耳光以及自称假父的事情详细说了一遍，还上奏道：“嫪毐实际上并非宦官，他是假装受了腐刑，私下侍奉太后，如今太后已为他生下两个儿子，就藏在宫中，他们不久后便打算篡夺秦国的江山。” 秦王政听后，勃然大怒，秘密派人拿着兵符去召桓齮，让他带兵赶往雍城。有内史肆、佐弋竭二人，平日里收受太后和嫪毐的钱财，是嫪毐的死党，得知此事后，急忙跑到嫪毐府中告知。
嫪毐此时酒已醒，大惊失色，连夜前往大郑宫求见太后，将事情原原本本告诉了她，并说：“如今之计，只有趁着桓齮的军队还未赶到，把宫中的骑兵、侍卫以及宾客、舍人全部发动起来，攻打祈年宫，杀掉当今秦王，我们夫妻二人或许还能保全。” 太后说：“宫中的骑兵怎会听我的命令呢？” 嫪毐说：“希望能借用太后的玉玺，当作御玺使用。假称‘祈年宫有贼，秦王有令，召集宫骑前去救驾’，他们应该不会不听从。” 太后此时也没了主意，说道：“那就按你说的做吧。” 于是将玉玺交给了嫪毐。嫪毐伪造秦王的御书，盖上太后的玺印，四处召集宫骑、侍卫（他自己府中的宾客、舍人自然不用说），一直到第二天中午，才集结完毕。嫪毐与内史肆、佐弋竭分别率领众人，包围了祈年宫。
秦王政登上高台，询问各军前来犯驾的原因。众人回答说：“长信侯传话说行宫有贼，特来救驾。” 秦王说：“长信侯就是贼！宫中哪里有贼？” 宫骑、侍卫等人听了，一半人散去；另一半胆子大的，便反戈与嫪毐的宾客、舍人展开战斗。秦王下令：“有能生擒嫪毐的，赏赐百万钱财；杀死嫪毐并献上首级的，赏赐五十万钱财；得到一个逆党首级的，赐爵一级；即便是地位低下的奴仆，赏格也相同。” 于是，宦官以及马夫等人，都拼死出战。百姓听说嫪毐造反，也纷纷拿着棍棒前来助力。嫪毐的宾客、舍人战死了数百人。嫪毐兵败，奋力杀开东门逃走，正好遇到桓齮的大军，被当场活捉，内史肆、佐弋竭等人也一同被擒，被交给狱吏审讯。
秦王政亲自前往大郑宫搜查，在密室中找到了嫪毐与太后所生的两个儿子，命左右侍从将他们装在布袋子里摔死。太后心中暗自悲痛，却不敢出面营救，只能闭门流泪。秦王政最终也没有去朝见太后，直接回到了祈年宫。因为太史占星的预言应验了，秦王政赏赐他十万钱。狱吏献上嫪毐的供词，上面写道：“嫪毐假装受腐刑入宫，都是文信侯吕不韦的计谋。同谋死党有内史肆、佐弋竭等，共二十多人。” 秦王下令将嫪毐在东门之外车裂，夷灭其三族。内史肆、佐弋竭等人都被斩首示众。那些参与叛乱、与秦军格斗的宾客、舍人，全部被处死；即便没有参与叛乱谋划的，也被远远地迁徙到蜀地，一共迁了四千多家。太后因用玉玺帮助逆党，不配再做国母，秦王削减了她的俸禄，将她迁到棫阳宫居住（这是离宫之中最小的一座），还派三百士兵看守，凡是有人出入，必定严加盘查。此时的太后，如同囚犯一般，实在是颜面扫地。
秦王政平定了嫪毐之乱后，回到咸阳。尚父吕不韦因惧怕获罪，假装生病，不敢前去谒见。秦王想要一并诛杀他，便询问群臣的意见。群臣中很多人与吕不韦有交情，都说：“吕不韦扶持先王登基，对国家有大功；况且嫪毐之事未经当面质证，虚实难以确定，不应让吕不韦连坐。” 秦王于是赦免了吕不韦，没有诛杀他，但免去了他的相国之位，收回了他的印绶。桓齮因擒获反贼有功，得到加封晋级。这一年夏天四月，天气突然变得极为寒冷，降下霜雪，很多百姓被冻死。民间纷纷议论：“秦王迁走太后，不认母亲，所以才有这种异常天象。” 大夫陈忠进谏说：“天下没有不认母亲的儿子，应该将太后迎回咸阳，以尽孝道，或许这样能让天象恢复正常。” 秦王大怒，下令剥去陈忠的衣服，将他放在蒺藜上，用棍棒打死，还把他的尸体陈列在宫阙之下，并张贴告示：“有敢因太后之事前来进谏的，就照这样处置！” 然而，秦国的大臣们仍然相继前来进谏。不知他们能否打动秦王，且看下回分解。
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