天启七年春，新成立的清吏司如同一柄出鞘的利剑，在陈子廷的统领下，悄无声息却又高效地运转起来。他们没有像传统御史那样风闻奏事、空泛弹劾，而是如同沈惊鸿所建议的“格物”精神，注重证据与调查。首批目标，并未直接指向盘根错节的朝中大员或地方督抚，而是选择了几个证据相对确凿、影响较为恶劣的中低级官员贪腐案件，其中便包括龙渊谷抚恤银案中几个侥幸未在第一批处决名单中、但罪证确凿的山东及登莱衙门胥吏。
铁证如山，程序严谨，清吏司的奏报直达天听，朱由校御笔朱批，毫不留情。数颗人头再次落地，抄家补赃。此举虽未掀起滔天巨浪，却也让朝野上下清晰地感受到了这个新机构的行事风格——不尚空谈，只认实证；出手狠辣，不留情面。
然而，大明朝堂的深渊，远非几个胥吏的贪墨所能衡量。就在清吏司初露锋芒之际，一场源自历史深处的巨大阴影，正悄然笼罩而来。
是年五月，距离王恭厂大爆炸（天启大爆炸）已近一年，但其后续影响仍在发酵。京师乃至北直隶地区，天灾频仍，异象迭现，人心惶惶。朝野间私议纷纷，皆言“天象示警”，乃“奸佞当道，阉宦乱政”所致。这“奸佞”、“阉宦”的矛头，直指权倾朝野的司礼监秉笔太监、提督东厂魏忠贤！
历史上，正是利用天启年间各种灾异现象，东林党残余势力及反对魏忠贤的官员不断上书，攻击阉党，最终在天启帝病重及崇祯帝即位后，魏阉集团才被清算。
此刻，类似的奏疏开始悄然增多。不少官员，尤其是与东林渊源颇深或单纯不满魏忠贤专权者，试图借“天变”之机，将祸水引向魏忠贤及其党羽（即历史上所谓的“阉党”）。
这一日，一份言辞激烈的奏疏被送入宫中，直指魏忠贤“任用私人，紊乱朝纲”、“贪墨营私，怨动天和”，并列举了其名下掌家太监、子侄辈（魏忠贤侄魏良卿等）侵占田产、收受地方官员贿赂等数条“罪证”。
奏疏并未通过清吏司，而是走的正常通政司渠道，显然是想在朝堂上公开造势。朱由校看到这份奏疏，眉头紧锁。他对魏忠贤固然信任，但“天变”之说和朝野舆论的压力，也让他感到棘手。更重要的是，奏疏中提及的某些“罪证”，诸如其侄魏良卿强占民田、其名下太监收受商人干股等，似乎并非空穴来风。
魏忠贤闻讯，又惊又怒。他深知这些指控若被坐实，尤其是在“天变”的背景下，后果不堪设想。他第一时间入宫哭诉，指天誓日，声称这是政敌构陷。
就在朝堂目光聚焦于这场即将到来的、围绕魏忠贤的政治风暴时，广宁的沈惊鸿接到了京中密报。他敏锐地意识到，这是一个危机，也是一个机会——一个让清吏司真正立威，并按照其设立初衷行事的绝佳机会。
他立刻以私人信件的方式，分别致信陈子廷和（通过隐秘渠道提醒）魏忠贤。
给陈子廷的信中，他写道：“天象幽微，难测虚实；然人事贪墨，有迹可循。清吏司初立，当以实证立威，以律法定性。今有奏劾权阉亲属及门下贪渎之事，无论劾者初衷为何，其所举若为实，则正在清吏司职权之内。望公能排除干扰，独立查证。若属实，依法究办，则清吏司权威立矣，天下知朝廷有法，而非党争之器；若为虚，亦当澄清，可堵天下悠悠之口。关键在于‘独立’与‘实证’四字。”
这封信，是在鼓励陈子廷，即便涉及权势滔天的魏忠贤，只要证据确凿，也应一查到底。这符合清吏司设立的初衷，也是使其超越党争、树立权威的关键一步。
而给魏忠贤的提醒则更为含蓄，只是点出：“树大招风，众矢之的。唯有自身枝叶干净，方能不惧风雨。若有宵小借门下之人行事不检而攻讦，恐伤公公清誉，亦累圣听。当此之时，严查门户，割舍疥癣，或可显公公大公无私，亦堵他人之口。”
这话既是警告，也是给魏忠贤指了一条路——断尾求生，主动清理门户，将一些确实不法且证据可能被抓住的“自己人”抛出去，以保全自身和整个派系的核心利益。
魏忠贤是何等人物，立刻明白了沈惊鸿的暗示。他虽恼怒，但也知道这是当前最理智的选择。与其让清吏司或政敌来查，不如自己先动手，还能掌握一定主动权。
与此同时，陈子廷在接到沈惊鸿信件和感受到朝中暗流后，展现出了惊人的魄力。他并未因涉及魏忠贤而退缩，也未被那些试图借他之手攻击阉党的官员所利用。他严格按照清吏司的章程，在请示皇帝并获得“一查到底”的默许后，对奏疏中提及的关于魏良卿及几名太监的贪腐指控，展开了独立调查。
调查过程阻力重重，既有来自阉党内部的遮掩和恐吓，也有来自反阉党势力的“热心”提供可能夸大甚至伪造的“证据”。关键时刻，清吏司副使、镇国中尉朱统鑍的作用凸显出来。
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