二更了，张凤翼在殿内与崇祯皇帝枯站了半夜，抬眼看着这花白头发的崇祯帝，想起家中的长子与陛下年岁正相仿。
“张卿，回吧，今日告假，好好歇息！”
崇祯平淡的说道。
如今崇祯最棘手的问题还是内政还是在这紫禁城！
“微臣告退！”张凤翼张了张嘴，似乎有千言万语，但终究是什么也没说缓缓退下。
内阁、六部及言官体系相互掣肘，议而不决，决而不行，无法应对多线作战（农民军、后金）的危机。
朝廷议事内容常被泄露，导致军事行动失败。
最主要皇权受阻：文官集团（尤其是东林党及其对手）的党争和“清议”常常绑架朝廷决策，使崇祯无法按照自己的意志快速推行政策。至使政令不出文华殿。
他也曾试图改变成立“军机处”，加以改变，迅速将陕西、辽东两地的军情奏报划归其优先处理，试图以“扁平化决策”提升效率。
但这一举措很快遭到文官集团抵制：内阁薛国观以“未经内阁票拟，不合祖制”为由，拒绝在军机处草拟的谕旨上签字；吏部尚书闵洪学则借口“军机处官制未明”，拖延为其拨付办公经费——文官集团的抵制，从军机处诞生的第一天便已开始了。
军机处设立仅半月，吏科给事中刘宗周便成为首个公开发难的文官。二月初十，刘宗周递上《劾军机处疏》，开篇便直指军机处“违祖制、乱纲纪”，称洪武皇帝“废丞相、设内阁，定票拟之制，为万世法”，而崇祯帝设立军机处，“绕内阁而直承天听，是废百余年之成规，开独断专行之先例”。
疏文中，刘宗周重点攻击军机处的人员构成：他痛斥吴孟明“以武夫之身预闻机务，不知经史，不明典制，恐误军国大计”，更弹劾王承恩“以内监入值，违背太祖‘宦官不得干预政事’之铁牌祖训”，直言“东汉十常侍之乱、本朝王振之祸，皆起于宦官干政，今军机处引宦官入局，是蹈覆辙而不悟也”。此外，他还指责军机处“决策不公开、议事无记录”，认为此举会导致“朝堂之上无公论，天下臣民不知政令之所出，恐生流言，动摇人心”。
刘宗周的弹劾，如同投入油锅中的火种，迅速点燃了文官集团的对抗情绪。短短三日内，兵科给事中陈子龙、礼科给事中傅朝佑、御史詹尔选等20余名言官相继上疏，内容与刘宗周如出一辙，均以“维护祖制”“反对宦官干政”“杜绝独夫专制”为核心，形成了“言官集体弹劾”的声势。崇祯帝对此的回应是“留中不发”，既不批准弹劾，也不斥责言官，试图以沉默压制争议，但这种态度反而让文官集团的抵制更加坚定。
随着矛盾的升级，文官集团开始采取更激进的对抗方式——“死谏”。六月十五日，御史詹尔选在早朝时，手持奏疏跪在太和殿前，声泪俱下地控诉军机处“乱政”，称“若陛下不罢军机处，臣愿以死明志，以谢祖宗”。随后，又有10余名言官、翰林相继跪在殿前，与詹尔选一同“死谏”，一时间，太和殿前哭声、谏言声交织，形成明末朝堂罕见的“集体死谏”场面。
詹尔选在奏疏中，将军机处的存在与“大明国运”绑定，称“自军机处设立以来，天旱不雨，陕西、河南饥民遍野，此乃上天示警，陛下若不改弦更张，恐大明江山难保”，以“天人感应”的传统观念施压；同时，他还指责崇祯帝“信任近幸，疏远大臣”，称“陛下若执意独断，便是‘独夫’，而非‘明君’”，直击皇权的“道义软肋”——在传统儒家观念中，“明君”需“与士大夫共治天下”，“独夫”则是亡国之君的代名词，詹尔选的这番话，无疑刺痛了崇祯帝急于证明自己“明君”身份的心理。
面对“死谏”，崇祯帝起初态度强硬，下令将詹尔选等10余人打入锦衣卫诏狱，但此举立刻引发更大规模的抗议：内阁大臣集体“请辞”，翰林院编修们拒绝草拟诏书，六部官员则以“政务无人处理”为由，停止办公。此时，关外清军围困大凌河，明军急需粮草补给，而户部因“官员罢工”无法拨付，军情日益紧急。崇祯帝意识到，若继续坚持保留军机处，可能导致整个官僚体系瘫痪，最终不得不做出让步——六月廿日，他下旨释放詹尔选等人，并宣布“军机处暂停处理军政要务，待集议后再定”，皇权的第一次妥协，以公开的方式呈现。
七月初三，崇祯帝在文华殿召开“廷议”，讨论军机处的存废问题。会上，文官集团以“维护祖制”“避免内耗”为由，一致要求“罢黜军机处”，而支持皇权的少数官员（如李明睿）则主张“保留军机处，但缩减职权”。最终，在“内外局势危急，需先稳定朝堂”的现实压力下，崇祯帝采纳了折中方案，颁布《调整军机处职权谕》，对军机处进行彻底“削权”。
根据谕旨，军机处的职权被限定为“皇帝顾问机构”，仅负责“整理军情、草拟奏疏初稿”，不再拥有“代拟谕旨”“督查军政”的权力；人员构成上，剔除了吴孟明、王承恩等武将与宦官，仅保留3名文官入值，且入值官员需经“内阁推荐、皇帝批准”，变相将军机处纳入内阁的“管辖范围”；决策流程上，明确“所有政令仍需经内阁票拟、司礼监批红，军机处不得干预”——这一系列调整，实际上宣告了崇祯帝通过军机处强化皇权的尝试彻底失败，决策流程重新回归“内阁-司礼监”的旧制。
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