废太子南宫珏（玄月）伏诛，地宫危机暂解，笼罩在皇宫乃至整个镐京上空的阴霾，似乎被那惊天一夜的血战与金光，彻底驱散。然而，真正的尘埃落定，并非一夕之功。余波、清算、疗伤、以及真相的最终揭示，如同层层涟漪，在接下来的日子里，缓缓扩散，直至彻底平息。
“拜月教”与“暗月”组织，随着首领南宫珏的死亡，以及京城、京畿数个重要据点被连根拔起，其在中原的势力遭受了毁灭性打击。景和帝在身体稍愈后，第一时间下旨，以“勾结邪教、谋逆弑君、毒害皇室、祸乱朝纲”等十大罪状，昭告天下，将废太子南宫珏钉在了历史的耻辱柱上，并下令全国范围内，清剿“拜月教”余孽，凡有信奉、传播其邪说，或与“暗月”有勾结者，严惩不贷。
在南宫烬的主持与云鹤药行网络的协助下，一张覆盖全国的大网悄然撒开。潜伏在宫中（尤其是太后宫中）、宗正寺、江南织造等处的“拜月教”细作，被一一揪出，严加审讯，顺藤摸瓜，又牵扯出了一批与之有牵连的官员、富商、乃至江湖败类。朝廷以铁腕手段，该杀的杀，该流放的流放，该抄家的抄家，一时间，朝野上下，风气为之一肃。林太后因牵涉其中（虽非主谋，但被利用且知情不报），被褫夺太后尊号，移居冷宫，终身不得出。林氏外戚势力遭到沉重打击，林崇被罢官夺爵，圈禁府中。朝中格局，再次经历洗牌。
“漱玉轩”地宫，在钦天监与工部高手的联合勘察下，被确认是前朝某位信奉邪道的王爷所建，内里确实布置了一些邪恶的阵法与机关，更藏有一些与南疆邪术、以及“蛊神令”传说相关的残破典籍与物品。元后当年，或许是察觉到此地异常，又或是为了躲避宫中耳目，才将部分解毒心得与关于“蛊神令”的线索藏于此地。地宫被彻底清理、净化后，由皇帝下旨封禁，永绝后患。而元后留下的解毒残篇，也被苏清颜与云鹤小心取出，其中果然记载了更多关于“三阴噬心散”等奇毒的解法，以及一些调理被奇毒损伤过的身体、固本培元的珍贵方剂，对南宫烬和景和帝的后续康复，起到了至关重要的作用。
景和帝在苏清颜与云鹤的精心调理下，体内的“三阴噬心散”余毒被彻底拔除，受损的心脉也得到修复。虽然此番中毒伤及本源，需要长期静养，且寿数可能略有折损，但至少性命无虞，且随着时间推移，有望恢复大半。经历此番生死劫难，年轻的皇帝气质愈发沉稳，处理政事更加果决，对南宫烬夫妇的信任与倚重，也达到了前所未有的高度。
南宫烬肩头的毒爪伤，在苏清颜的妙手与“蛊神令”奇异力量的辅助下，顺利愈合，未留隐患。体内那纠缠多年的、源自胎中的奇毒余孽，也在“漱玉轩”所得解毒残篇的指导下，被苏清颜与云鹤联手，以金针渡穴、药浴熏蒸、内服灵丹等多种方法，一点点逼出、化解。虽然过程漫长痛苦，但效果显着，南宫烬能明显感觉到，那种自懂事起便如影随形的阴寒滞涩之感，正在逐渐消退，内力运转越发圆融顺畅，停滞多年的武学瓶颈，也有了松动的迹象。假以时日，彻底康复，修为更上一层楼，并非奢望。
苏清颜自己也因连日操劳，损耗不小，但在丈夫康复、孩子们平安、大敌已除的喜悦支撑下，精神尚好。她与云鹤的医术在救治皇帝与南宫烬的过程中，得到了极大的锤炼与印证，彼此切磋，皆感获益匪浅。云鹤在协助朝廷清剿“拜月教”、稳定京城局势中出力甚多，其家世、能力、品行，得到了皇帝与朝野的一致认可。景和帝有意授予其官职，入主太医院或掌管医药相关事务，却被云鹤婉拒。他只愿挂着“御前行走”的虚衔，继续经营家族药行，悬壶济世，并承诺，朝廷若有需要，他及云氏药行，必定义不容辞。
“鬼见愁”在那一夜射杀南宫珏后，再次如同他来时一般，悄无声息地消失了。只在南宫烬的枕边，留下了一枚乌黑的、刻着“鬼”字的铁牌，和一张字条，上书：“恩怨已了，令牌赠汝，若有缘，江湖再见。”南宫烬握着那枚铁牌，心中感慨万千。这位神秘的前辈，数次在关键时刻出手相助，却始终不肯以真面目示人，其身份、来历，依旧成谜。或许，他本就是江湖中一位特立独行、游戏人间的奇人异士吧。这份情谊，南宫烬铭记于心。
关于苏清颜的身世，在“漱玉轩”地宫找到的、属于元后的一些零星笔记中，找到了一丝线索。笔记暗示，元后当年在流落中原前，曾将刚出生不久的女儿（即苏清颜）托付给了一位信得过的、云游四方的神医，也就是苏清颜后来的师父，以保其平安，远离南疆纷争与宫廷倾轧。这解释了为何苏清颜的医术如此超凡，又为何会对南疆毒物、以及“蛊神令”有特殊的感应。得知自己可能是元后之女、南宫烬同母异父的妹妹（？），苏清颜心中百感交集，但很快便释然。无论身世如何，她与南宫烬相识于微末，相知于患难，相爱于生死，这份感情早已超越血脉，是灵魂的相契。南宫烬更是紧紧握住她的手，目光坚定：“清颜，你就是你，是我的妻子，是宸儿他们的娘亲，这就够了。其他，都不重要。”
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