整顿军务时，袁崇焕发现关内外弊端重重。
总兵冗余、官员尸位素餐、堡垒驿站布置混乱。
他大刀阔斧改革：
停推辽东、登莱两巡抚，将原本三四员总兵缩减为两员。
由赵率教守关内、祖大寿守关外，以亲信何可纲为中军坐镇宁远；
淘汰参将、游击等官员近百名，重新规划堡垒驿站；
敦促工部改进武器质量，令户部向沿边各镇订购战马，全力打造“精兵、壮马、坚甲、利兵”。
对外，他派人招抚察哈尔、喀喇沁等蒙古部落，以“抚赏”和救济防止他们倒向后金；
又悄悄恢复与皇太极的通信，不关闭议和之门。
这是他的缓兵之计，五年复辽，需要时间积蓄力量。
可这些举措，却被朝中言官弹劾为“通敌”，袁崇焕看着奏疏，只觉得胸口发闷。
真正让他头疼的，还是东江总兵毛文龙。
毛文龙自天启元年起，以朝鲜半岛西北部的皮岛为基地。
构筑了海上防线，多次袭扰后金后方，号称“海上长城”，手里也握有尚方宝剑，深得天启帝信任。
可随着势力壮大，他逐渐变得“难驭”：截留粮饷、擅行任免、私通商贾，甚至被弹劾“虚功冒饷、私通外番”。
崇祯帝继位后，毛文龙的处境则变的愈发艰难。
新帝任用的兵部尚书阎鸣泰曾主张“将毛文龙移镇盖州”，对其持怀疑态度；
崇祯元年正月至二月，原登莱巡抚武之望、御史范汝梓等接连上疏弹劾毛文龙。
虽无实据，却加深了崇祯帝的猜忌。
朝廷下令“查核东江兵额”，丰城侯李承祚上疏辩解“毛文龙孤军海外，牵制后金有功”，反被崇祯帝斥为“浮谈市德”。
面对朝廷的怀疑与移镇压力。
毛文龙多次上疏辩解：“盖州四围沙漠，无地樵苏，且隔海百里，粮草难继，此兵志所忌之地，不可移镇。”
他强调东江镇“连接朝鲜，威慑后金后方，移镇则失牵制作用”。
最终，因新任兵部尚书王在晋对移镇持谨慎态度，此事才暂时搁置。
但明廷明确规定“毛文龙受登莱巡抚节制”，削弱了他的自主权。
随后，户部员外郎黄中色奉命前往皮岛核查兵额。
毛文龙出示花名册称“有兵六万二千人”，可黄中色实地清点后发现“仅三万六千人”。
毛文龙不服，上疏辩解“黄中色未计入其他岛屿及出哨、屯田官兵，实际精壮合计十五万”。
崇祯帝又派登州海防道王廷试复查。
最终裁定“东江有兵四万二千人，可裁汰为二万八千人”，并按二万八千人给饷。
粮饷大幅削减，让本就艰难的东江镇陷入更深的经济危机。
在此期间，毛文龙仍试图通过军事行动证明自身价值。
“亲帅大军在镇江与后金对峙，屡有斩获”，且“进攻复州、海州、金州，取得小规模胜利”；
十月，他又上报“在阵中招降刘爱塔，以刘爱塔兄弟为内应，奇袭萨尔浒城，斩三千余级，俘虏六十九人”。
但因东林的谗言崇祯帝对这些战绩已不再信任，七月间曾私下表示“文龙献俘，似多非实”。
十一月更在给毛文龙的谕旨中警告“宜从新策励，实图报效，不得但以牵制虚声藉口塞责”。
明确表达对毛文龙“只务虚名、不做实事”的不满。
此时的毛文龙已察觉自身处境危险，“常常抚膺大恸”。
在给杭州妻子的家信中写道：“外有强敌而内有公卿，必死不久”——他已预感到自己的结局。
袁崇焕上任后，很快将目光投向毛文龙。
他认为，要实现“五年复辽”，必须统一辽东兵权。
而毛文龙的东江镇“不听节制、尾大不掉”，是最大的障碍。
早在平台召对后，他就与阁臣钱龙锡密议，定下了处置毛文龙的计策。
崇祯元年年底，袁崇焕第一步棋落下：
奏请加强登莱海禁，将东江运道从山东登州改为从山海关起运。
海船需经督师衙门挂号方可出海，同时设东江饷司核查钱粮。
此举名义上是“规范后勤”，实则是垄断东江的物资供应，切断其经济来源，迫使毛文龙就范。
崇祯帝准奏后，毛文龙于崇祯二年三月十三日上疏抗议，称改道“舍近就远、弃易图难”，会导致东江物资短缺。
可朝廷只批复“依议”二字。
同月，袁崇焕派徐琏运送火炮器械给毛文龙，趁机约定海上会晤。
毛文龙在皮岛帅帐内怒骂徐琏“断我活路”，却还是派都司熊万祥随徐琏回去，商定在旅顺北汛口见面。
可毛文龙随后却以索饷为名前往登州，引发舆论哗然；
接着又转道宁远，要求在督师衙门与袁崇焕会面。
袁崇焕正在出海途中，闻讯立刻驰还宁远，此次会晤却“一二语而别”。
毛文龙的傲慢与不恭，让袁崇焕杀心更重。
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