宁远会晤后，两人约定再于旅顺双岛细商。
崇祯二年五月二十九日，袁崇焕带着尚方宝剑和督师印抵达双岛，诸总兵留守，只带少数亲信随行。
六月初一日，毛文龙乘船来拜谒，袁崇焕亲自到船上迎接。
笑着说：“今辽东海外，只你我二人，需同心共济。”
毛文龙却答：“末将在东江多年，苦于钱粮短缺，若督师能补足物资，灭金不难。”
接下来三日，两人反复交涉，矛盾不断激化。
袁崇焕提出让毛文龙受节制、更定营伍、设置道厅，毛文龙要么痛骂前任官员，要么顾左右而言他；
袁崇焕暗示他“辞职返乡，归隐西湖”，毛文龙却直言“此处谁代得”，傲慢之色溢于言表。
六月初四日，袁崇焕颁赐赏银给东江官兵。
又行文规定“旅顺以东行毛文龙印信，旅顺以西行袁崇焕印信”，毛文龙依旧置之不理。
袁崇焕知道，不能再等了。
六月初五日，双岛山上，袁崇焕设帐邀毛文龙观兵角射。
毛文龙毫无防备，带着几名亲信上山。
刚进帐房，参将谢尚政就带着士兵围了上来，刀枪出鞘。
“毛文龙，你可知罪？”
袁崇焕厉声呵斥，随后历数其十二当斩之罪：
专制一方、欺君冒功、跋扈不臣、侵吞粮饷、私通岛夷、擅行任免、劫掠商人、好色诲淫、虐待辽民、谄媚魏阉、掩败为功、观望养寇。
毛文龙拒绝认罪，东江众将也纷纷叩头求情。
袁崇焕不为所动，向西叩头请皇命后，下令：“斩！”
旗牌官张国柄举起尚方宝剑，寒光落下，毛文龙的人头滚落在地。
袁崇焕看着地上的鲜血，对众人说：“今日杀了毛文龙，我若不能恢复全辽，愿试尚方以偿其命！”
次日，袁崇焕亲到毛文龙棺前焚香祭拜。
泪水滴落衣襟：“昨日斩尔，是朝廷大法；今日祭尔，是我辈私情。”
随后，他将东江军分为四协，由毛承禄、徐敷奏等分管，派陈继盛暂代东江镇。
又偿还毛文龙欠下的商银、释放被掳商船，尽力安抚东江军民。
消息传到京城，崇祯帝起初大惊。
从明朝制度和法律层面看，袁崇焕并没有斩杀毛文龙的权力。
毛文龙时任左都督、平辽总兵官，持有朝廷赐予的“尚方宝剑”。
其官职和权限直接隶属于明朝中央，而非袁崇焕的直接下属。
袁崇焕虽为蓟辽督师，掌有节制辽东军事的大权。
但“尚方宝剑”的核心权限是“便宜行事”以应对紧急军情。
并非赋予其随意斩杀同为持剑重臣的权力。
这是“矫诏?”！
可他思虑良久，自己正倚重袁崇焕，若治其罪，辽东再无人可用。
最终竟下旨斥责毛文龙“死有余辜”，嘉奖袁崇焕“果断”。
只是崇祯帝没意识到，这道圣旨不仅埋下了袁崇焕日后的祸根。
更让东江镇从此陷入混乱，失去了牵制后金的作用。
袁崇焕杀毛文龙，是明末辽东战局的一个转折点。
他的初衷是“统一兵权、整肃军政”，为“五年复辽”扫清障碍。
可他忽略了毛文龙及其东江镇在牵制后金中的作用，更低估了崇祯帝的猜忌与朝中非议的力量。
此后，东江镇群龙无首，部分将领降金，皇太极再也没有了后顾之忧。
终于在几个月后酿成大祸。
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