一、早期经历
朱由崧的早期经历充满了动荡与不幸，这在很大程度上预示了他后来短暂而曲折的帝王生涯。万历三十五年七月十五日（1607年9月5日），朱由崧出生于北京紫禁城内的储秀宫，他的母亲是姚氏。作为福王朱常洵的儿子，他从小就生活在皇族的光环之下。然而，好景不长，随着明朝末年的动荡局势，朱由崧的命运也随之改变。
万历四十二年（1614年），他随父亲福王朱常洵前往洛阳就藩。在洛阳的日子里，朱由崧度过了自己的童年和少年时期。然而，好日子并没有持续多久。万历四十五年（1617年）二月十五日，年仅十岁的朱由崧被封为德昌王，但这并没有为他的未来带来好运。
崇祯十四年（1641年）正月，洛阳城遭到了李自成领导的农民军的攻击。在这场突如其来的灾难中，福王朱常洵被农民军所杀，而朱由崧则在王府官员和校尉的护送下侥幸逃生。他们先是逃往怀庆府孟县，途中遭遇散兵游勇，所有的财物都被抢走，这一路上的艰辛可想而知。
在怀庆府，朱由崧暂时得到了安置，但生活条件极为艰苦。有传言说，在这段时间里，朱由崧曾盗窃王印献给起义军，这一行为反映了当时局势的混乱以及朱由崧为了生存不得不做出的一些非常之举。
崇祯十六年（1643年）五月，朱由崧完成了丧期，袭封福王。此时，崇祯帝亲自挑选了一条宫中的玉带赠予朱由崧，这表明皇帝对这位幸存的皇族成员仍然抱有一定的期望和支持。
然而，崇祯十七年（1644年）正月，李自成的大将刘芳亮再次发动攻势，这次的目标是怀庆府。二月三日深夜，怀庆府城遭到突袭，城内一片混乱。朱由崧和他的嫡母邹氏在混乱中逃出了东门，但不久之后，朱由崧便抛下了邹氏，独自一人在亲军侍卫的保护下逃离。在这生死存亡之际，一个名叫常应俊的皮匠挺身而出，背着朱由崧在雪地中奔逃了数十里，帮助他逃过一劫。
朱由崧最终逃到了卫辉府城，投奔了他的堂叔潞王朱常淓。但好景不长，卫辉府城不久也被农民军攻陷，朱由崧和朱常淓不得不继续南逃至淮安。在那里，他们与其他河南宗室成员一起暂居在湖边的船上。在这些逃亡的日子里，朱由崧失去了亲人，只身一人，身边只有常应俊等几名随从相伴。
二、入继大统
崇祯十七年（1644年）三月二十九日，淮安开始流传北京陷落的消息。到了四月初一日，南京兵部尚书史可法召集各大臣发布讨贼勤王檄文，准备北伐李自成。与此同时，凤阳总督马士英则押注福王朱由崧，派人引导朱由崧搭乘漕运巡抚路振飞之船快速南下，以便在恰当的时机加以利用。
四月十四日，两个从皇宫逃出的太监抵达南京，南京府部科道各官这才得知北京已陷，崇祯帝自缢的消息。随着崇祯帝的逝世，挑选新君成为当务之急。崇祯帝的三个儿子都被李自成俘虏，其他近支藩王如惠、瑞、桂等王都远在外地，因此皇位只能在避难淮安的福王朱由崧和潞王朱常淓中挑选。
按血缘亲疏关系来说，福王朱由崧作为神宗之孙，支派最近，是最占优势的候选人。而潞王朱常淓则是穆宗之孙、神宗之侄，关系较为疏远。然而，多数大臣却认为福王朱由崧品行恶劣，曾有盗窃王印的行为。考虑到几十年前的国本之争记忆犹新，许多大臣不愿他继位。钱谦益、雷演祚等官员游说兵部侍郎吕大器支持潞王，认为潞王更为贤明，而福王“有不孝、虐下、干预有司、不读书、贪、淫、酗酒七不可立”。这一观点也获得了史可法的支持。
另一方面，南京也有部分官员坚持以立亲为原则，都谏章正宸力主立福王，并认为如果可以越过福王立潞王，则如同可以越过光宗一样，这是不合国本的。路振飞在答复高杰、刘泽清等武将关于继嗣的问题时也强调：“议贤则乱，议亲则一，现在唯有福王。”
马士英则不动声色地展开了一系列幕后活动，贿赂勋臣刘孔炤和武将刘泽清等，以获得内外两方面的支持。他还致书史可法、吕大器等大臣，声称“以序以贤，无如福王”。史可法表示反对，马士英暂时没有反驳，而是派遣私人向史可法传话，表示立君以贤，伦序不应固守。史可法信以为真，随即回应马士英，提出了福王“七不可立”的论点。
与此同时，马士英部署江北四镇黄得功、高杰、刘泽清、刘良佐等将领各率大军，簇拥着乘坐路振飞之船的朱由崧到达仪真（今江苏仪征）。这些军队在江北集结，向南京诸臣示威。勋臣刘孔炤等人则与主张拥立潞王的诸臣在南京展开了一场激烈的较量。
四月二十六日，张慎言、姜曰广与南京户部尚书高弘图、吏科给事中李沾、河南道御史郭维经及诚意伯刘孔炤、司礼太监韩赞周等官员齐聚朝内会议，讨论继嗣问题。两派各执己见，互不相让。最终，在一番激烈的争论之后，刘孔炤等人凭借气势压倒了拥潞诸臣。司礼太监韩赞周拿出刘孔炤等人事先拟好的拥立福王的誓文，要求众臣签字。许多官员迫于压力，在誓文上签了名，并通告朝外，史可法也不得不承认这个既成事实。
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