除惊风、腹泻外，六经辨证在小儿“厌食症”与“痘疹”中的应用也极具代表性。明代嘉靖年间，钱塘儿科医者薛铠（薛己之父）接诊一位六岁患儿，患儿近半年来食欲不振，每餐仅吃几口便推开碗筷，伴有面色萎黄、神疲乏力、大便溏薄、手足欠温，稍遇风寒便易感冒。薛铠通过六经辨证分析：患儿面色萎黄、大便溏薄，属“太阴脾虚”；手足欠温、易受外邪，为“阳气亏虚”，与伤寒太阴病“食不下、自利、脉缓”的病机高度契合。他以理中汤为基础，将人参、干姜各减至五分（避免药性过温），白术、甘草各用一钱，加入麦芽二钱、山楂二钱消食化积，鸡内金一钱健脾开胃，命名为“小儿健脾消食汤”。考虑到患儿服药困难，薛铠还建议将药材研磨成细粉，与小米粥同煮成糊喂食。患儿服用十日，开始主动进食；续服二十日，每日食量恢复正常，大便成形，手足也变得温暖。薛铠在《保婴撮要》中强调：“小儿厌食多为太阴脾虚，少部分属阳明积热——脾虚者需温运太阴，不可过用寒凉；积热者需清泻阳明，不可过用补益，辨证偏差则易加重病情。”他还收录了20余例小儿厌食的六经辨证案例，详细对比不同证型的症状差异（如太阴脾虚多伴乏力、便溏，阳明积热多伴口臭、便秘），为临床辨证提供清晰依据。
在小儿痘疹（天花）的诊疗中，六经辨证更是成为判断病情轻重、指导用药的核心依据。明代万历年间，京城儿科名医万全（《万密斋医学全书》作者）提出“痘疹六经分期论治”理论：痘疹初期，患儿出现发热、恶寒、鼻塞、流涕，属“太阳表证”，需用桂枝汤轻剂解表散寒，避免邪毒内陷；痘疹出齐期，若痘疹红活、发热不退、口渴喜饮，属“阳明热盛”，用白虎汤加减清热生津，防止痘疹焦枯；痘疹恢复期，若痘疹塌陷、色淡白、患儿乏力嗜睡，属“少阴气虚”，用四逆汤加人参益气回阳，促进痘疹结痂。他曾接诊一位三岁痘疹患儿，患儿出痘第三日，痘疹颜色紫暗、分布稀疏，伴有高热不退、烦躁不安、口渴喜冷饮、大便干结，万全辨证为“阳明热盛，毒邪内壅”，立即用白虎汤（石膏三钱、知母一钱、甘草五分、粳米一把）加金银花二钱、连翘一钱清热解毒。服药两剂后，患儿高热减退，烦躁缓解；再用原方减石膏用量至二钱，加麦冬一钱滋阴润燥，续服三日，痘疹颜色转为红润，开始逐渐结痂。万全在《痘疹心法》中详细记录了这一案例，还特别标注了“痘疹六经辨证禁忌”：太阳表证不可用泻药，以免邪毒内陷；阳明热盛不可用温药，以免助热伤津；少阴气虚不可用寒凉药，以免损伤阳气，这些禁忌原则至今仍对小儿感染性疾病的诊疗有借鉴意义。
值得注意的是，后世医者在将六经辨证应用于儿科时，始终遵循“轻药缓治、因体施药”的原则，既避免成人方剂的峻猛药性损伤小儿脏腑，又通过精准的辨证与细致的用量调整，确保疗效。例如在使用含有附子、干姜等温热药材的方剂时，医者会严格控制用量（多为成人剂量的四分之一至三分之一），并搭配甘草、大枣缓和药性；在使用石膏、知母等寒凉药材时，则会加入粳米、山药保护脾胃。这种“辨证不变，药量适配”的思路，既是对张仲景“随证施治”思想的继承，也是针对儿科特殊体质的创新，让六经辨证在儿科领域实现了“疗效与安全”的平衡。
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