虽然随着天津秩序的恢复，穿越者也允许天津新区内教堂重新开业,并组织宗教活动，但对教堂进行了严格的限制，所有传教士的活动区域只限于天津新区内，而禁止到农村和老城区活动，就是在天津新区内，也禁止传教士在穿越者下设的工厂，学校等机构内传教，如紫竹林教堂改成了希望学校，虽然沒有把紫竹林教堂的传教士都赶走，但紫竹林教堂的宗教活动完全停止，包括本教堂的传教士们要做弥撒都只能到其他教堂去。
当然，在一开始的时间，还真有几个传教士不信邪，偷偷的溜出天津新区到农村去传教，不过十有七八都没有回来，后来根据有到开平煤矿从事技术工作回来的外国人说，在矿区看到几个有些面熟的人，只不过一身破烂身份，满脸尘土，认不太清楚。因此从此以后传教士们也都老实的呆在天津新区里，不敢再跨出新区一步。
但在天津新区公共场合的传教活动，也必须提前申请，时间、区域、行为都在严格的限制规定，因此整个天津的教会几乎是停滞状态。
不过在穿越者中，到是有一些基督教的教徒，由其是住在客滚船上的无职者，到天津新区游玩时，大多都喜欢到教堂里去看一看，虽然都是怀着参观名胜古迹的心情，但顺随也一起做做礼拜，跟着唱唱赞美诗什么的，反正闲着也是闲着。
其实大部份参加礼拜的穿越者对教会并没有什么敬畏之心，这和进庙就烧香是一个道理，反正礼多神也不会怪罪。当然某些人也怀着不良的目地——看能不能勾引几个修女，神父和修女之间的那点事，往往更吸引人一些。
而传教士们并不知道穿越者的真实想法，但见到穿越者中居然也有主的信徒，传教士们自然是大喜过望，看来主的光辉果然普照全球，于是极力向穿越者中的基督教信徒传播主的慈爱与恩德，希望在穿越者当中扩大基督教的影响，当然也有一些传教士是打探穿越者情报的意图。
不得不说洋和尚们对忽悠还是颇有些道道，并不弱于本山大叔，加上这些穿越者们确实无所事事，抱着听听也无所谓的态度，因此被洋和尚们左忽悠，右忽悠，还有些穿越者到真被忽悠得找不到北了，有几人甚致接受了教会的洗礼，成为正式教徒，并定期参加礼拜、弥撒活动，好在是穿越者们还是有些自知之明，并没有透露自己是从未来世界来的人。
有些传教士则希望通过这些穿越者去影响执委会，解除或是放宽对教会的限制。但有两名传教士大着胆子拉着几名穿越者一起离开天津新区，到农村去传教。而这几名穿越者也不知是真被洋和尚忽悠瘸了，还是本身头脑就有些不清楚，居然一口答应下，有一个还拍着胸脯保证，跟着他们出天津新区，绝对没事。
那知传教士想把穿越者当作自己的挡箭牌，但他们离开天津新区以后，还是被警察发现，全部都被抓了回来。而公安部得知以后，大为震怒，结果两名传教士被扔到开平煤矿去挖煤，他们所在的教堂也遭到查封，而那几名穿越者则被公安部严厉的批评教育了一顿，遣回客滚船去，禁止他们再来天津新区活动。
但这一情况也引起了公安部的高度重视，看来帝国主义见用武力击败不了穿越者，居然打算用宗教来密惑腐蚀穿越者，因此必须采取措施，要么干脆取缔所有教会，要么就对教会进行更加严格管理。
而经过执委会的讨论之后认为，在目前来说取缔所有的教会并不适合，虽然义和团运动的起因是教民冲突，但并不是所有的中国人都反对教会，毕竟教会在中国传教己有六十余年，也发展了一批信徒，由其是在城市中，有相当的基础，由其是在绅仕阶层，中颇有影响力。虽然绅仕阶层信教的原因复杂，有人是倾向西化，有人则是为求庇佑，有人是为方便与洋人打交通，但也确实形成了一个颇有势力的信教人群。在城市里的教民冲突其实并不深。而教民之间的矛盾大部份都是在农村中发生的。在义和团围攻教堂的战斗中，有不少中国教民站在教会这一边，与义和团为敌。因此冒然取消基督教会，容易再次引发大规模的冲突与分裂。
另外基督教会现在己是一个世界性的宗教，尽管现在不是中世纪，教会己经没有干涉政治的权力，但在世界各国，由其是在欧州，教会在各国依然还是有不小的影响力，穿越者要建立的是一个开放、包容的现代仕国家，也并不打算与全世界为敌，而且在穿越者中也有不少人，由其是女元老尽管不是真正的信徒，但对教会还是有相当好感，因此元老集团也不可能再釆极端的宗教政策。
不过在行政部里设立一个部门来专门管理宗教事务，最好是从众元老当中找几个基督教徒，不管是真信还是假信，出任天津地区的主教，把教会全部都纳入到元老集团的控制之下，还是很有必要的。在旧时空里，天朝就是少有不鸟梵蒂冈，可以由自己任命本地区主教的国家，而且教会仍然可以搞得不错。
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