扬州失守后，清军兵锋直指南京。南京城内，人心惶惶，官员们争相逃命，百姓们也四处躲藏。马士英和阮大铖见时机成熟，开始公开与清军联络，准备献城投降。
朱由崧得知马士英和阮大铖准备投降的消息后，心中大怒。他立刻召集了身边的亲信官员和剩下的京营兵马，说道：马士英、阮大铖这两个奸贼，竟然想要献城投降，出卖国家和百姓！朕绝不会让他们的阴谋得逞！如今南京已经无法坚守，我们必须立刻突围出去，前往江南各地，联络抗清力量，继续抵抗清军！
亲信官员们纷纷表示愿意跟随朱由崧突围。王承恩道：陛下，清军已经包围了南京城，想要突围出去，恐怕没那么容易。我们必须制定周密的计划。
朱由崧点了点头，说道：朕已经想好了。今夜三更，我们从南京城的西门突围。西门是清军包围圈的薄弱环节，而且外面有一条小路，可以通往江南。袁继咸率领的残部还在城外与清军激战，我们可以与他汇合，一起突围。
随后，朱由崧开始布置突围的任务。他命令一部分士兵在东门、南门、北门制造混乱，吸引清军的注意力；自己则率领主力部队，从西门突围。
夜幕降临，南京城内一片死寂。三更时分，朱由崧率领主力部队，悄悄来到了西门。此时，东门、南门、北门已经响起了激烈的战斗声，清军果然被吸引了过去。西门的清军兵力空虚。
朱由崧一声令下，士兵们立刻发起了冲锋。西门的清军猝不及防，被打得大败。朱由崧率领部队，顺利地冲出了南京城。
然而，就在他们准备沿着小路前往江南的时候，清军的援军赶到了。清军将领率领大军，对朱由崧的部队展开了追击。
朱由崧率领部队，一边奋勇抵抗，一边拼命逃跑。战斗异常激烈，京营兵马损失惨重。王承恩为了保护朱由崧，身中数箭，壮烈牺牲。
朱由崧看着王承恩的尸体，心中悲痛欲绝。但他知道，现在不是悲伤的时候，他必须尽快摆脱清军的追击。他率领残部，继续向江南逃跑。
就在朱由崧的部队快要被清军追上的时候，袁继咸率领的残部赶到了。袁继咸见到朱由崧，激动地说道：陛下！臣终于找到您了！
朱由崧道：袁爱卿，快，率领部队掩护我们突围！
袁继咸立刻率领部队，挡住了清军的追击。他指挥士兵们奋勇杀敌，与清军展开了殊死搏斗。在袁继咸的掩护下，朱由崧率领残部，终于摆脱了清军的追击，顺利地到达了江南。
江南地区，因为清军还没有来得及占领，所以局势相对缓和。但这里的地方官员和乡绅，对于南明朝廷的态度也颇为复杂。有的对朱由崧的到来表示欢迎，愿意出钱出力支持抗清；有的则持观望态度，担心清军很快就会南下，不敢轻易表态；还有的已经暗中与清军联络，准备投降。
朱由崧率领残部到达江南后，第一时间就派人联络当地的官员和乡绅。他亲自撰写檄文，痛斥清军的残暴行径，号召江南军民团结起来，共同抵抗清军，保卫大明江山。檄文发出后，得到了不少爱国官员和乡绅的响应。苏州知府陈洪范、松江总兵吴志葵等人，纷纷派人前来表示效忠，并愿意率领所部兵马听从朱由崧的调遣。
然而，好景不长。清军在攻占南京后，并没有停下南下的脚步。多铎命令部分清军，继续南下追击朱由崧的残部，同时派人招降江南各地的官员。清军的兵锋很快就逼近了江南。
朱由崧知道，仅凭目前收拢的这些力量，还无法与清军正面抗衡。他必须尽快整合江南的抗清力量，建立稳固的根据地。他召集陈洪范、吴志葵等将领，以及江南的乡绅代表，召开军事会议，商议抗清对策。
会议上，吴志葵说道：“陛下，江南地区水网密布，不利于清军的骑兵作战。我们可以利用这一优势，在河流、湖泊之间设置防线，阻击清军的进攻。同时，我们可以组织水军，袭扰清军的粮道，切断他们的后勤补给。”
陈洪范也说道：“陛下，江南地区富庶，我们可以筹集粮草和钱财，扩充军队，提升军队的战斗力。另外，我们还可以联络浙江、福建等地的抗清力量，形成呼应，共同对抗清军。”
朱由崧点了点头，说道：“两位爱卿所言极是。水网阻击、袭扰粮道、扩充军队、联络外援，这几条计策都很好。就按照你们说的办。吴爱卿，你负责统筹军事，组织防线，训练水军；陈爱卿，你负责筹集粮草钱财，安抚百姓，稳定后方；另外，朕派袁继咸前往浙江、福建等地，联络当地的抗清力量。”
“臣遵旨！”众人齐声应道。
随后，各项工作有条不紊地展开。吴志葵率领军队，在江南的水网地带设置了多处防线，挖掘壕沟，修建堡垒，准备迎击清军；陈洪范则积极筹集粮草钱财，他一方面向江南的乡绅募捐，一方面整顿当地的赋税，确保军队的后勤供应；袁继咸则带着朱由崧的亲笔信，日夜兼程地前往浙江、福建等地。
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